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上面，我们根据差异表达提取出来的4913个基因在611个样品中的表达数据进行了主成份分析，根据主成份成分的结果，正常与肿瘤样本能很好地分成两类，这对样本的预测是很好的辅助。下面，我们将根据差异表达的结果来绘制热图，看能否找出预示肿瘤组织的标志分子。 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667 ...
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上面，我们对RNA表达数据进行了差异分析，下面，我们将进行主成份分析（PCA），用于对数据进行区分和归类。 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586878889909192939495969798991001011 ...
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前面，我们已经对KIRC的611个CASE的表达数据进行了预处理，现在，我们可以开始进行基因的差异表达分析了。 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970717273747576777879808182838485868788899091> library(DESeq2)& ...
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前面，我们从metadata中提取了样品的信息，并替换了表达数据中的列名，我们还需要根据列名来将样品分类，并且要对基因的编号进行处理 首先，处理基因的编号 123456789101112131415161718192021222324252627282930> genename <- rownames(data) # 提取data中的60482个基因名，赋值给genename> head(genename)[1] "ENSG00000000005.5" "ENSG000000 ...
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在TCGA学习教程1中，我们从TCGA上下载了KIRC的RNAseq数据，共包含611个目录，下面我们要在R中将这些目录下的压缩文件移动到同一个文件夹中，并对数据作预处理。 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586 ...
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TCGA是由National Cancer Institute创建的肿瘤基因组数据库，截至目前（2020年6月），共收录65个PROJECTS，67个PRIMARY SITES，84031个CASES，涉及22872个基因。 TCGA数据库的大部分数据可以下载，在网站上直接下载方法如下： 以肾癌中占比最高的ccRCC为例，点击[REPOSITORY]，左侧有[FILES]和[CASES]，点击[CASES]，选择[PRIMARY SITE]下的[KIDNEY]，再选择[PROGRAM]下的[T ...
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R语言中的RTCGA包用于下载并分析TCGA上的数据，如要查看RTCGA的示例用法，可以使用如下命令打开”RTCGA package workflow” 1234> browseVignettes("RTCGA")# 运行之后打开下面这个页面：[RTCGA package workflow](http://127.0.0.1:14929/session/Rvig.2eb41b5b1ec3.html)# 如果要查看RTCGA.rnaseq的示例，则使用如下命令：> browseVign ...
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TCGA数据库中的癌症全称 Cohort 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞癌和腺癌 CHOL Cholan ...
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Firehose是由Broad institute开发的，提供经过预处理后的TCGA数据，在R语言中，RTCGAToolbox可用于查询、下载和分析Firehose的数据。 12345if (!requireNamespace("BiocManager")) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("RTCGAToolbox")library(RTCGAToolbox) 在通过Firehose获取数据之前，需要检查有效的数据集 ...
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