1、数学运算（Arithmetic Operators）1234567891011121314151617# BASIC ARITHMETIC OPERATORS> 2-5+1 # 加减法[1] -2> 6/3*2 # 乘除法[1] 4> 3+2*5 # 混合运算[1] 13> 4^3 # 4的3次方，^代表乘幂[1] 64> exp(4) # 自然常数e的乘幂，即e^4[1] 54.59815> log(2.742) # 某数的自然对数[1] 1.00868 ...

基因的差异表达分析，通常使用R中的软件包，包括：DESeq2，edgeR，limma等，今天介绍DESeq2的分析流程： 1、在R中安装DESeq2软件包 123source ("http://bioconductor.org/biocLite.R") # 调入安装工具BioconductorbiocLite("DESeq2") # 安装DESeq2library("DESeq2") # 测试是否安装成功 如果安装出错，请移步前文：《MAC安装DESeq2报错及解决方案》，作为一个生信小白，我花 ...

在R环境中安装DESeq21、安装DESeq2基本语法： 123source ("http://bioconductor.org/biocLite.R") # 调入安装工具BioconductorbiocLite("DESeq2") # 安装DESeq2library("DESeq2") # 测试是否安装成功 2、报错信息 我的系统是MacOS 10.10.5，执行安装命令后各种报错： fatal error:‘string.h’ file not foundinclude <strin ...

hexo clean1hexo clean # 清除缓存文件db.json 和已生成的静态文件public hexo g1hexo g # 是hexo generate的简写形式，生成静态文件到public文件夹 hexo d1hexo d # 是hexo deploy的简写形式，部署静态文件到设定的仓库 hexo clean && hexo g && hexo d1hexo clean && hexo g && hexo d # ...

创建一个4*5的矩阵123x <- 1:20 # 创建一个包含20个值的向量x，可以输入x查看：[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20y <- matrix (x, 4, 5) # 使用向量x的值填充一个4行5列的矩阵y # 查看y矩阵 [,1] [,2] [,3] [,4] [,5][1,] 1 5 9 13 17[2,] 2 6 10 14 ...

1. 打开MacVim1vim ./test.md # 打开当前目录下的名位test.md的文件 2. 在Vim中修改文件在Vim中打开的文件不能直接修改，如要插入字符，需要按下i键，进入INSERT模式，按下ESC则可退出INSERT模式。 3. 退出Vim 在末行模式下：12:qw # 先保存文档，退出Vim，返回到Shell:q! #放弃修改，直接返回到Shell 在命令行模式下：1ZZ # 保存修改，退出Vim，返回到Shell

HTseq统计基因reads数HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SAM/BAM文件进行基因reads数的统计。 语法：htseq-count [options] 1mkdir -p ncbi/matrix/ 在ncbi目录下创建matrix文件夹，用于存放HTseq生成的.count文件。-p (-parents)，加上此选项后，系统将自动建立那些尚不存在的目录。 运行HTseq-count命令： 1234htseq-count ~/ncbi/alig ...

注释文件下载流程 进入Gencode网站（http://www.gencodegenes.org/），data>>human>>GRCh37-mapped releases>>GENCODE release 26>>Comprehensive genome annotation/ GTF, GFF3 右键获取下载链接，使用wget命令进行下载： 123cd ncbi/hg19 #切换到hg19目录下wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/ ...

RseQC是对比对结果进行质控的工具，在MAC环境下，可以优先选用conda命令进行安装，不会报错。 1conda install rseqc #安装RseQC，注意都是小写 Solving environment: / The following packages will be downloaded: package build wheel-0.30.0 py27h677a027_1 66 KB jedi-0.11.1 py27_0 297 ...

建立HISAT2索引 hisat2-build -p 4 hg19.fa genome 命令运行完成后，会在hg19文件夹下生成如下文件： genome.1.ht2genome.2.ht2genome.3.ht2genome.4.ht2genome.5.ht2genome.6.ht2genome.7.ht2genome.8.ht2 建立索引文件需要大约一个小时（MAC: 2.6 GHz Intel Core i5/ 8 GB 1600 MHz DDR3），记录如下： Total time ...