CpG Islands是指CG组合明显高于全基因组平均水平的DNA片段，通常靠近基因的转录起始位点，可以调节基因的转录活性。 在哺乳动物的DNA中，CG这样的组合十分稀少，原因在于，CG中的C易被甲基化，而甲基化的C由于脱氨作用会转变成T，即CG有转化为TG的倾向，除非因某种原因，CG中的C不被甲基化，CG组合才得以保留。 一般，CpG Islands有如下特征： 1）GC含量高于50%；2）片段长度大于200 bp;3）CG组合观测值/预测值 > 0.6；

进入UCSC主页，点击Tools > Table Brower, 以mouse为例，选择如下： genome: Mousegroup: Expression and Regulationtrack: CpG Islandsregion: genomeoutput format: BED - browser extensible datafile type returned: plain text 点击，get output，即可下载到小鼠全基因组上的CpG Islands数据。

一、从FTP上下载整个目录，可以使用WGET命令，命令如下： 1wget -c -r -np -nH --ftp-password='password' ftp://username@hostname/directory/ -P ./download/ 解释：-c 表示断点续传，如果下载中断，下次再运行相同的命令可以接着下载；-r 递归，遍历所有子目录；-np 不到上一层子目录；-nH 不将文件保存到主机名文件夹；–ftp-password=’password’ 密码，将password替换为相 ...

我的系统是Ubuntu 18.04，在终端中输入module，出现错误信息：module: command not found 12$ modulemodule: command not found 尝试了各种方法皆不管用，最后发现了个简单的激活方法，原文网址如下： https://www.oden.utexas.edu/sysdocs/linux/ubuntu18.html 方法很简单，直接在终端中输入如下命令即可： 1source /etc/profile 此时，再在终端中输入module ...

ChIP SEQ分析过程中要用到诸多的软件包，在分析之前，确保软件成功地安装，命令如下： 123456# install bowtie2sudo apt-get update -ysudo apt-get install -y bowtie2# install samtoolssudo apt install samtools

CHIPSEQ的分析流程总结如下: 在以后的文章中，我会对整个分析过程作详细的解释，所谓“他山之石，可以攻玉”，作为后来者攀登的阶梯，不要像我一样走弯路。

在linux中，可对文件进行操作的有三种用户，即文件所有者，群组用户，及其他用户；对于每个用户而言，都有三种权限，即read, write, execute，因此，rwxrwxrwx代表三种用户都对该文件有完全的权限，即可读、可写、可执行； 其中，r对应5，w对应2，x对应1，因此，rwxrwxrwx又可以简化为777； 一般情况，文件所有者需要对文件有完全的控制权限，而对于其他用户则可以考虑给予r–或者r-x，即可读不可写，因此，对应的权限是754或者755； 在linux中，更改文件权限的命 ...

1、查看当前nvm版本 1nvm ls 2、安装指定版本，如安装12.5.0 1nvm install 12.5.0 3、使用指定版本，如使用12.5.0 1nvm use 12.5.0

一、加载程序包 1234library(survival)library(ggplot2)library(survminer)library(dplyr) 二、加载数据并绘图 1data <- read.delim('clipboard',header = T) 12345678head(data) Patient Days Status Expression Group1 TCGA-B0-5702 2172 Alive 383.07 Low2 TCGA-B0-4 ...

棒棒糖图，介于柱形图与散点图之间，之所以这么说，是因为它能以柱形图与散点图的数据作图，即两列定量变量（数字），或一列定量变量（数字）一列分类变量（字符串）； 有趣的是，棒棒糖图其实不是由一个函数绘制的，而是由两个函数叠加成的，即使用geom_point()绘制点，使用geom_segment()绘制线； 12345678910111213141516171819202122232425262728library(ggplot2)var1 <- LETTERS[1:20]var2 <- ...