VCF是Variant Call Format的首字母缩写,是存储变异信息的文件格式,在进行下游分析之前,我们先在IGV中对VCF进行简单的可视化,以有直观的印象,当然,也可检查特定位点是否存在突变,这可以帮助判断某单基因疾病是否由某基因的突变所致。
首先,启动IGV,安装教程见前面的文章。
检查VCF文件是否有对应的索引文件(vcf.idx),如有索引,可以直接载入IGV,如无索引,使用tabix命令生成索引,并载入IGV中,如下图
从上图中可以看出,对于样本,分为深蓝与青色,深蓝代表杂合突变,青色代表纯合突变,