TCGA学习教程1-如何从TCGA下载数据

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TCGA是由National Cancer Institute创建的肿瘤基因组数据库，截至目前（2020年6月），共收录65个PROJECTS，67个PRIMARY SITES，84031个CASES，涉及22872个基因。

TCGA数据库的大部分数据可以下载，在网站上直接下载方法如下：

以肾癌中占比最高的ccRCC为例，点击[REPOSITORY]，左侧有[FILES]和[CASES]，点击[CASES]，选择[PRIMARY SITE]下的[KIDNEY]，再选择[PROGRAM]下的[TCGA]，[PROJECT]选择[TCGA-KIRC]，[DISEASE TYPE]选择[ADENOMAS AND ADENOCARCINOMAS]，此时，数据总量为22.66TB。回到[FILES]下，[EXPERIMENTAL STRATEGY]选择[RNA SEQ]，[WORKFLOW TYPE]选择[HTSEQ COUNTS]，[DATA FORMAT]选择[TXT]，此时，数据总量为155.8MB，点[ADD FILES TO CART]，就可以下载了。

进入[CART]，共包含611个FILES，530个CASES，FILE SIZE为155.8MB，全部数据都是开源可供下载的，点击[DOWNLOAD]下的[MANIFEST]，可以下载gdc_manifest.txt，这是用于下载的样本信息文件；点击[CLINICAL]下的[JSON]，可以下载临床的分类数据；点击[METADATA]，可以下载样本的具体信息。

这些文件准备完成之后，我们就可以使用终端来下载数据了，打开cmd，切换到gdc_manifest.txt所在的文件夹下，另外，还需要提前准备好GDC的数据下载客户端gdc-client.exe，放在同一目录下。

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> gdc-client.exe download -m gdc_manifest.txt
#下面是冗长的下载过程
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Successfully downloaded: 611

共计下载了611个目录，这些目录之下有*.htseq.counts.gz格式的压缩文件，由于文件太多，接下来将要在R中进行批量操作。

  • 本文作者：括囊无誉
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