TCGA学习笔记12-富集分析

前面，差异分析得到了4913个基因，注释后剩下4863个基因，如下：

> dim(result_select)
[1] 4913    7
> dim(result_select_annot)
[1] 4863    8

现在，我们对这4863个已知基因进行富集分析，看这些基因都集中在哪些信号通路或者生物过程当中。

library(clusterProfiler)
library(topGO)
library(Rgraphviz)
library(pathview)
library(org.Hs.eg.db)

DEGs_entrez_id <- mapIds(x=org.Hs.eg.db,column="ENTREZID",
                         keys=as.character(result_select_annot$hgnc_symbol),keytype = "SYMBOL")
enrich_go_BP <- enrichGO(gene=DEGs_entrez_id,OrgDb = "org.Hs.eg.db",ont = "BP",pvalueCutoff = 0.05) # BP, Biological Process，生物学过程
enrich_go_MF <- enrichGO(gene=DEGs_entrez_id,OrgDb = "org.Hs.eg.db",ont = "MF",pvalueCutoff = 0.05) # MF, Molecular Function，分子功能 
enrich_go_CC <- enrichGO(gene=DEGs_entrez_id,OrgDb = "org.Hs.eg.db",ont = "CC",pvalueCutoff = 0.05) # CC, Celular Components，细胞组份
enrich_go_KEGG <- enrichKEGG(gene=DEGs_entrez_id,organism="hsa",keyType="kegg",pvalueCutoff=0.05)

现在，准备工作完成了，开始绘图

dotplot(enrich_go_BP,showCategory=20)

dotplot(enrich_go_MF,showCategory=20)

dotplot(enrich_go_CC,showCategory=20)

由于肾脏是排泄器官，可以看到绝大多数基因都集中在细胞外或细胞膜，而功能方面多参与膜运输，而参与的生物学过程多与免疫相关。

dotplot(enrich_go_KEGG)