在IGV中使用脚本批量截图

在IGV中，如果需要查看大量的基因位置，一个一个手动查找是极其耗时费力的，简便的方法是通过运行脚本对所有基因位置进行截图，然后直接查看，免去输入基因名称的工作。

根据IGV官网的说明，脚本可以是TXT文件，每行一个命令，参数由空格来分隔（不可使用TAB），可以使用#或//来进行注释，例子如下：

new
genome hg18
load  myfile.bam
snapshotDirectory mySnapshotDirectory
goto chr1:65,289,335-65,309,335
sort position
collapse
snapshot
goto chr1:113,144,120-113,164,120
sort base
collapse
snapshot
goto chr4:68,457,006-68,467,006
sort strand
collapse
snapshot

脚本保存为TXT文件，执行Tools>Run Batch Script即可。脚本的编写与运行都是简便易行的，难点在于，当我们要对大量位点进行截图时，需要通过简单的方式进行脚本编写。这个教程是在R中来编写脚本，假设我们有一个包含1216个基因的GENELIST，以及准备好的hg19的BED文件（BED文件的准备见前面的教程）

> length(AD)
[1] 1216

> head(hg19)
     V1       V2       V3      V4
1  chr1 66999275 67216822   SGIP1
5  chr1  8378144  8404227 SLC45A1
6  chr1 16767166 16786585  NECAP2
9  chr1 25071937 25170812   CLIC4
10 chr1 33546753 33589093   AZIN2
24 chr1 48998525 50489626   AGBL4

下面，将对这1216个基因编写脚本，在R中运行：

> hg19.AD <- hg19[hg19$V4 %in% AD,] # 提取AD中的基因

> hg19.AD$V2 <- hg19.AD$V2 - 5000 # 起始位置前移5K，目的是保留基因的调控区域，根据需要保留
> hg19.AD$V3 <- hg19.AD$V3 + 5000 # 终止位置后移5K

> m1 <- paste("goto ",paste(paste(hg19.AD$V1,hg19.AD$V2,sep=":"),hg19.AD$V3,sep="-"),sep="") # goto
> head(m1)
[1] "goto chr1:8373144-8409227"     "goto chr1:226413849-226502204"
[3] "goto chr1:26205669-26237910"   "goto chr1:212854758-212878182"
[5] "goto chr1:215791232-216601790" "goto chr1:23827929-23862725"
> m2 <- paste(paste("snapshot",hg19.AD$V4,sep=" "),".png",sep="") # snapshot
> head(m2)
[1] "snapshot SLC45A1.png" "snapshot LIN9.png"    "snapshot STMN1.png"  
[4] "snapshot BATF3.png"   "snapshot USH2A.png"   "snapshot E2F2.png" 

> n <- length(m1)*2 # 由于要将goto与snapshot进行合并，故产生两位行数的data.frame
> m3 <- data.frame(rep(0,n),rep(0,n))

> m3[seq(1,nrow(m4),2),] <- m1 # 单行赋予m1
> m3[seq(0,nrow(m4),2),] <- m2 # 双行赋予m2

> head(m3) # 得到我们需要的格式，单行goto，双行snapshot
                      rep.0..n.                   rep.0..n..1
1     goto chr1:8373144-8409227     goto chr1:8373144-8409227
2          snapshot SLC45A1.png          snapshot SLC45A1.png
3 goto chr1:226413849-226502204 goto chr1:226413849-226502204
4             snapshot LIN9.png             snapshot LIN9.png
5   goto chr1:26205669-26237910   goto chr1:26205669-26237910
6            snapshot STMN1.png            snapshot STMN1.png

> write.table(m3$v1,"./ADtext.txt",quote=FALSE,row.names = FALSE,col.names = FALSE) # 写进TXT文件，注意：去掉引号，去掉行号，去掉列号

注意：在运行脚本大量截图时，最好设定命令间的间隔时间，否则，若电脑性能不够强，会出现截图指令发出时图像还未调整完毕的情况，可以让指令之间加一个间隔时间，经测试800毫秒的延迟可以达到很好的效果，加在截图指令前

setSleepInterval 800