在R中操作特定的行

在R中，如需删除特定的行或对其赋值，可以使用which()查找行号，再根据行号进行操作。

# 现在，我们的数据是基因组中基因的位置，如下：
> head(hg19)
     V1       V2       V3      V4
1  chr1 66999275 67216822   SGIP1
5  chr1  8378144  8404227 SLC45A1
6  chr1 16767166 16786585  NECAP2
9  chr1 25071937 25170812   CLIC4
10 chr1 33546753 33589093   AZIN2
24 chr1 48998525 50489626   AGBL4

> dim(hg19)
28165     4 # 共28165行
# 若我们对基因位置进行扩展，由于有些基因坐标太靠近染色体起始位置，会出现负数，这会导致后面的操作出错
> hg19$V2 <- hg19$V2 - 5000
> hg19$V3 <- hg19$V3 + 5000
> head(hg19)
     V1       V2       V3      V4
1  chr1 66994275 67221822   SGIP1
5  chr1  8373144  8409227 SLC45A1
6  chr1 16762166 16791585  NECAP2
9  chr1 25066937 25175812   CLIC4
10 chr1 33541753 33594093   AZIN2
24 chr1 48993525 50494626   AGBL4
# 可以通过which()查找行号
> which(hg19$V2 < 0)
# 22802 28048 28049
# 查看一下
> hg19[c(22802,28048,28049),]
         V1    V2    V3    V4
57944 chr17 -4934 36441 DOC2B
70402 chrMT -1694  9262   ND1
70403 chrMT  -531 10511   ND2
# 再将对应的行删除或者进行赋值
> hg19[c(22802,28048,28049),]$V2 <- 0
> hg19[c(22802,28048,28049),]
         V1 V2    V3    V4
57944 chr17  0 36441 DOC2B
70402 chrMT  0  9262   ND1
70403 chrMT  0 10511   ND2