R可视化-绘制柱形图2

首先，我们准备绘图数据，数据来源是2018年的一篇研究论文，In Vitro and In Vivo Gene Therapy Vector Evolution via Multispecies Interbreeding and Retargeting of Adeno-Associated Viruses，我们把数据输入到文件AAV infectivity.csv，并保存在工作目录下。

下面开始正式绘图：

library(ggplot2) # 加载ggplot2
data1=read.csv("AAV infectivity.csv", header=T) # 加载数据到变量data1
head(data1,3) # 查看data1前三行

Cell.line Tissue.or.cell.type AAV.1 AAV.2  AAV.3   AAV.4  AAV.5
1     Huh-7            hu liver  4000   500  20000 2000000 400000
2       293           hu kidney  2000   500  20000  700000 400000
3      HeLa           hu cervix 70000  2000 100000 2000000  30000

以第一列为横坐标，第三列为纵坐标，绘制条形图：

pbar=ggplot(data1,aes(x=data1[,1],y=data1[,3]))+ # 调用ggplot函数，以data1的第一列为横坐标，第三列为纵坐标，作为第一图层；
geom_bar(stat="identity",position = "dodge",width=0.8,fill="lightblue",color="black")+ # 第二图层：绘制条形图，位置为肩并肩，柱子的宽度为0.8，填充为浅蓝色，边框为黑色；
geom_text(aes(label=paste(as.character(data1[,3]),sep="")),vjust=-0.5,size=4)+ # 第三图层：将第三列数据绘制在柱子顶端，字号为4号；
ggtitle(label="In Vitro infectivities of AAV1",subtitle="Data midified from [Grimm, D. et al. (2008). J. Virol. 82: 5887-5911]")+ # 第四图层：设定标题与副标题；
xlab("Cells")+ # 第五图层：X轴标签
ylab("In Vitro Infectivities of AAV1")+ # 第六图层：Y轴标签；
theme(plot.title = element_text(size=20,face="bold",vjust=1,hjust=0.5), # 第七图层：设定标题，字号20号，粗体，以及对齐方式；
axis.title.x = element_text(size=15,face="bold",vjust=0.5,hjust=0.5), # 第七图层：X轴标签，字号15号，粗体，水平垂直居中；
axis.title.y = element_text(size=15,face="bold",vjust=1,hjust=0.5), # 第七图层：Y轴标签，字号15号，粗体，水平居中；
axis.text.x=element_text(size=12,face="bold",vjust=1,hjust=1,angle=45), # 第七图层：X轴文字，字号12号，粗体，45度倾斜；
axis.text.y=element_text(size=12,face="bold",vjust=0.5,hjust=0.5), # 第七图层：Y轴文字，字号12号，粗体，水平垂直居中；
panel.background = element_rect(fill="transparent",color="black"), # 第七图层：背景颜色透明，边框黑色；
panel.grid.minor = element_blank(), # 第七图层：次网格线隐藏；
panel.grid.major = element_blank()) # 第七图层：主网格线隐藏；
pbar # 绘制条形图

如果需要对数据进行排序并绘制条形图，可以首先对第三列从大到小排序，命令如下：

data1=data1[order(data1[,3],decreasing = T),] # 对第三列进行降序排列；
head(data1,3) # 查看前三行；

以第三列从大到小排序后的data1如下：

Cell.line Tissue.or.cell.type   AAV.1 AAV.2  AAV.3    AAV.4   AAV.5
4      HepG2            hu liver 2000000 50000 300000 20000000 3000000
10    NIH3T3      mu fibroblasts  200000 20000 700000   700000 7000000
3       HeLa           hu cervix   70000  2000 100000  2000000   30000

然而，此时绘制条形图，图形却不会从大到小排列，需要对第一列进行排列，

data1[,1]=factor(data1[,1],levels=data1[,1],order=T) # 对第一列排序；

再次调用ggplot作图，就会得到降序排列的条形图。

最后，保存图片为PDF格式，命令如下：

ggsave(pbar,filename="in vitro AAV1-order.pdf",width=12,height=9)