使用bigWigMerge合并两个BigWig文件

如需将两个或多个BigWig合并成一个，可以使用bigWigMerge程序，合并完成后输出文件是bedGraph，再使用bedGraphToBigWig转回BigWig即可。

一、将BigWig合并为bedGraph

bigWigMerge f1.bigwig f2.bigwig out.bedGraph
Got 91 chromosomes from 2 bigWigs
Processing...........................................................................................

运行结束后，得到一个bedGraph文件，我们来看看这个文件

$ head out.bedGraph
chr1    10000   10001   0.455257
chr1    10001   10002   0.756229
chr1    10002   10004   1.0572
chr1    10004   10005   1.51246
chr1    10005   10016   1.96771
chr1    10016   10019   1.74008
chr1    10019   10025   1.96771
chr1    10025   10037   2.19534
chr1    10037   10038   2.49632
chr1    10038   10039   2.79729

二、对bedGraph进行排序

由于bedGraph文件很大，需要转换成二进制的BigWig文件，在进行转换之前，首先对其进行sort，使用sort -k1,1 -k2,2n命令：

sort -k1,1 -k2,2n out.bedGraph > sort.bedGraph

$ head sort.bedGraph
chr1    10000   10001   0.455257
chr1    10001   10002   0.756229
chr1    10002   10004   1.0572
chr1    10004   10005   1.51246
chr1    10005   10016   1.96771
chr1    10016   10019   1.74008
chr1    10019   10025   1.96771
chr1    10025   10037   2.19534
chr1    10037   10038   2.49632
chr1    10038   10039   2.79729

三、将bedGraph转成BigWig

下面可以使用bedGraphToBigWig转换为BigWig，需要注意的是，新生成的BigWig是原始的两个BigWig的累积，即在任何位置上的值都是输入的两个文件的总和。

bedGraphToBigWig sort.bedGraph /mnt/d/ncbi/hg19/chrom/hg19.all.size out.bw

这里需要用到hg19.all.size这个文件，这个文件只需要hg19中染色体的长度信息，第一列是染色体编号，第二列是长度

chr1    249250621
chr2    243199373
chr3    198022430
chr4    191154276
chr5    180915260
chr6    171115067

这个文件的准备方法可以在R中进行，亦可以LINUX中进行，在R中需要使用seqinfo()，而在LINUX中可以结合faToTwoBit与twoBitInfo，关于这个问题，参见这篇教程：生成染色体长度文件chrom.sizes