合并两个BED文件

如何合并两个BED文件，使其有重合的区域合并成一个？可以使用cat + bedtools merge组合。以A.bed和B.bed为例：

8279 A.bed
6199 B.bed
# 两个BED文件，第一步合并成一个文件，但来自两个文件的区域是分开的
$ cat A.bed B.bed > C.bed
14478 C.bed
# 合并后的文件PEAK数是合并前两个文件的总和
# 执行合并之前，需要对染色体坐标进行排序，否则结果会有问题
$ sort -k1,1 -k2,2n C.bed > D.bed
14478 D.bed # 排序后PEAK数不变
# 最后进行合并
$ bedtools merge -i D.bed > E.bed
# 这样即可得到我们需要的BED文件，PEAK数减少，但多于任何一个合并前的文件
9258 E.bed