BAM文件转BED文件

有多种方法可以实现从BAM文件到BED文件的转换，比较简单的一种，是使用bedtools bamtobed，语法如下：

1	bedtools bamtobed -i *.bam > *.bed

实例如下：

准备一个BAM文件，targetc.bam

> samtools view targetc.bam | head

HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:1116:8464:18014      16      chr19   3100027 31      36M     *       0       0       AGGGCAATGGGCCACTGCCTCAGCCAGCTTTTTAGG     JJIJJJIJIJJJGGIJJJJJJJJHHHHHFFFFFCCC     AS:i:0  XS:i:-5 XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:36 YT:Z:UU
HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:1205:1404:46284      0       chr19   3100235 23      36M     *       0       0       ACATATGTCTTGTGAGTGACTCTCTTTCCTTCCCTT     CCCFFFFFHHHHHIJJHG?<CEFFEHHCEHHIHJIJ     AS:i:-10        XN:i:0  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:2  MD:Z:2G5G27     YT:Z:UU
HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:2216:8268:81593      16      chr19   3100237 23      36M     *       0       0       ATATGTCTTGTGAGTGACTCTCTTTCCTTCCCTTTG     JJIJIIGJJIIIGIIHHIJJIHHFHDBHFFDDFC@@     AS:i:-11        XN:i:0  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:2  MD:Z:0G5G29     YT:Z:UU
HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:2:1210:11323:25283     16      chr19   3100240 23      36M     *       0       0       TGTCTTGTGAGTGACTCTCTTTCCTTCCCTTTGCCC     IJJJJJJIJIJJJIJIGIJJJJJHHHHHFFFFFCCC     AS:i:-11        XN:i:0  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:2  MD:Z:3G29T2     YT:Z:UU
HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:1206:10953:35815     16      chr19   3100246 40      36M     *       0       0       GTGAGTGACTCTCTTTCCTTCCCTTTGCCCTTCCAT     JJJIJIHHJJIJJJJJJJJJJJJHHHHHFFFFFCCC     AS:i:-5 XN:i:0  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:1  MD:Z:27T8       YT:Z:UU
HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:2:2216:12650:100608    16      chr19   3100250 40      36M     *       0       0       GTGACTCTCTTTCCTTCCCTTTGCCCTTCCATCTTT     JJIHJIJJJJJJJJJJJJJJJJJHHHHHFFFFFCCC     AS:i:-5 XN:i:0  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:1  MD:Z:23T12      YT:Z:UU

转换为bed文件，targetc.bed

> bedtools bamtobed -i targetc.bam > targetc.bed
> less targetc.bed

chr19   3100026 3100062 HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:1116:8464:18014      31      -
chr19   3100234 3100270 HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:1205:1404:46284      23      +
chr19   3100236 3100272 HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:2216:8268:81593      23      -
chr19   3100239 3100275 HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:2:1210:11323:25283     23      -
chr19   3100245 3100281 HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:1:1206:10953:35815     40      -
chr19   3100249 3100285 HWI-ST1113:280:H7KE6ADXX:2:2216:12650:100608    40      -

两两比较，就会发现BAM文件与BED文件的区别，BED文件有6列：

第一列：染色体位置
第二列：start
第三列：end
第四列：对应BAM文件的QNAME，包含测序平台，read name等信息
第五列：对应BAM文件的MAPQ，即比对质量
第六列：正负链