从BAM文件中提取指定区域的READS数

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通过序列比对得到BAM文件后，常常需要对READS数进行统计，以便进行下游分析与作图，可以说，这是对BAM数据可视化的关键步骤。

一、全局统计

1
2
> samtools view -c targetc.bam
6

二、指定区域统计

对于指定区域进行统计，需要用到bedtools multicov，BAM文件可以是一个或多个，语法如下：

1
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13
> bedtools multicov -bams targetc.bam -bed chr19d.bed 
chr19   3100000 3100100 1
chr19   3100100 3100300 5

> multiBamCov -bams targetc.bam -bed chr19d.bed # bedtools multicov与multiBamCov效果一致
chr19   3100000 3100100 1
chr19   3100100 3100300 5

> bedtools multicov -bams targetc.bam -bed chr19d.bed > result.bed # 可以输出到文件
> less result.bed

chr19   3100000 3100100 1
chr19   3100100 3100300 5
  • 本文作者：括囊无誉
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